凌晨三点还睡不着，可能是白天过度兴奋、睡觉前看了刺激的影视作品，或者晚餐时吃了一些辛辣、刺激的食物。如果下午喝了咖啡、浓茶，也可能会导致入睡困难。另外，睡觉的房间温度不合适、光线太亮、声音太嘈杂，或者床铺太硬或太软，也会导致入睡困难。
如果是存在着心绞痛、慢性阻塞性肺气肿、心力衰竭，也可能因为心慌、胸闷、气喘，而导致入睡困难。具体是哪一种原因，可能需要到医院去完善相关检查进一步明确。
如果是没有严重的疾病导致的，可能就是一种生理性的一过性睡眠障碍，一般在改善生活方式之后，都会得到改善。