真菌性食管炎也是一个比较严重的疾病，会影响到食管的正常功能，更关键的是这种疾病的病程比较长所以需要坚持治疗，还要提高个人抵抗力。
因为真菌性食管炎的患者多属于抵抗力比较低下的患者，在预防上首先就是提高个人的抵抗力，如果有食管的损伤或者插胃管的患者，也是要积极的治疗损伤以及定期更换胃管的。
在预防上还要注意饮食的清洁，特别是不要吃发霉的食物，在使用抗生素上要合理的使用抗生素，并且抗生素应该在专业医生的指导下来使用。