贲门失弛缓症有可能会变癌症，主要是食物滞留在食管内对食管造成损伤，引起的慢性炎症刺激。通过相关的研究表明，有5%左右的病人可能会合并食管癌，尤其是食管扩张明显，并且食物潴留严重的患者，发生癌症的几率可能更大。
同时也可能会出现呼吸道的并发症，表现为食管内的食物吸入气管或者支气管，也可能是因为食管内充满大量的食物压迫气管，也可能会导致患者出现食管炎、食管溃疡等并发症。
为了避免并发症的发生，在疾病的早期就应该要积极地给患者使用药物治疗。