如果能够保证饮食卫生和食品安全，酵素长期吃并没有不良后果。但是酵素的主要有效成分是酶，进食后和其他食物一样会被人体消化系统分解吸收，在人体内的代谢过程和体外环境有所不同。
酵素进食后会和其他食物一样，被人体消化系统消化分解为可吸收的成分，人体可以利用基本的物质，如糖、氨基酸、磷脂和各种离子等，合成人体自身能够利用的酶，这样的酶才能对人体消化、吸收和各种代谢过程起到相应的作用。
当出现由于消化系统疾病导致消化酶分泌不足，消化不良症状的时候，建议到医院就诊，由医生根据具体情况处方和人体自身合成的消化酶结构相同的消化酶制剂，改善消化不良症状，最好不要长期自行用药。