会咽部囊肿的治疗办法，需根据囊肿的大小来决定，但多数是采取手术切除的办法。
如果囊肿比较小，并且病人没有出现各种不适的症状，可以暂时不处理。定期做喉镜等检查，查看囊肿有无增大情况发生，一直保持原状可一直保持囊肿生存。
如果囊肿较大，病人有会厌、咽部不适异物感，严重者会因继发感染而发热。这时就需要手术切除囊肿，再注射无水酒精使囊壁粘连加速愈合，术后口服抗生素或低剂量糖皮质激素雾化吸入，以减轻术后咽喉部水肿情况。