恶性贫血如果不治疗，长期严重贫血，会导致脑部组织缺血、缺氧，临床上会出现头晕、头痛、记忆力减退。
心脏长期缺血、缺氧可以造成心脏扩大、贫血性心脏病，病人可以出现心慌、胸闷、双下肢水肿，严重时出现心功能不全症状。肾脏长期缺血、缺氧，可以造成蛋白尿，甚至肾功能不全。
长期贫血可以造成消化系统功能减退或消化不良，病人表现为食欲不振、恶心、腹胀，进食减少可以加重贫血。严重的长期贫血，还可以引起双侧的股骨头坏死。另外，由于维生素B12缺乏，可以造成行走不稳、共济失调等锥体外系的症状。