长期喝酵素对于人体健康并不好，不仅会产生较大的危害性，副作用问题也比较严重。
长期喝酵素会损伤胃黏膜，促使人体胃部消化功能减弱，而诱发胃痛等症状，因为酵素中含有大量的酸性物质，而这些酸性物质对胃黏膜具有腐蚀性作用，而且酵素在生产过程中会产生大量微生物，一些细菌、病毒也会趁机滋生，长期饮用会导致胃肠疾病发作。
此外，酵素在生产过程中会加入适当的白糖、冰糖等糖类物质，属于高糖类饮品，长期饮用会促使体内糖类物质增加，容易诱发糖尿病，严重甚至会诱发高血糖，在饮用酵素时要注意，不可过度饮用，根据自身的健康状况适量饮用即可。