淋球菌性肛门炎的治疗主要以抗炎治疗为主，抗炎治疗要彻底，避免病情反复发作。
淋球菌可以通过性接触发生传染，如果患者发生淋球菌性肛门炎，和不洁的性生活有关，要及时改正不良的生活习惯，防止淋球菌的来源。同时要使用对淋球菌敏感的抗生素，常用的药物有大关霉素，还可以选用头孢类抗生素。
对肛门的部位也要进行适当的治疗，要保证肛门部位的整洁卫生，便后要及时的进行清洗，清洗时要戴手套，防止将淋球菌带到身体其它部位。