食管炎的病因是胃酸反流，所以治疗食管炎首先是抑制胃酸的治疗，而抑制胃酸的药物能迅速缓解反流性食管炎患者的症状。
目前普遍使用质子泵抑制剂，具有很强的抑酸作用，能迅速缓解症状，促进食管炎的愈合。常用药物有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等。
值得注意反流性食管炎的药物用量是消化性溃疡的2倍，疗程一般至少8周，8-12周。第二种是使用胃动力药物，但单纯使用胃动力药物治疗反流性食管炎效果不佳，大多是在联合用药的基础上抑制胃酸。