肛周脓肿会引起肛瘘，但不会引起肛裂。肛周脓肿是肛门周围软组织的一种急性化脓性疾病，当肛周脓肿未经手术根治，自行破溃或者经手术切开引流后急性炎症会慢慢转化为慢性炎症，从而形成肛瘘。
由于肛周脓肿的感染的深度和脓腔的范围大小不一可以形成单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘。单纯性肛瘘只有一个瘘管和一个外溃口，复杂性肛瘘可以有多条瘘管及多个外溃口。
肛裂的发病的机制是因为排便时大便干燥或者用力过猛导致的肛管皮肤撕裂，而肛周脓肿不会直接导致肛裂的发生。