食管炎治疗后有可能会产生后遗症。临床当中比较常见的后遗症，主要是考虑到食管炎的反复发作引起，食管炎反复发作以后，有可能会导致食管的纤维组织增生，引起瘢痕性的狭窄。有可能会导致患者出现吞咽困难，尤其是进食干硬的食物，吞咽困难症状可能更为明显。
少部分的患者还可能会出现癌变，表现为食管癌，表现为进行性的吞咽困难。
大部分的患者如果积极地使用药物治疗，并且有规律用药时，并不会产生严重的后遗症，在饮食上也要避免吃油腻的食物。