肛周脓肿是肛隐窝堆积粪便，导致肛腺堵塞造成的，这是最为常见的原因。也见于免疫力低下的患者，如结核病、克罗恩肠病、恶性肿瘤患者、恶病质，以及外伤造成。
首先是肛隐窝的生理解剖特点，呈口袋型，口部向上，很容易兜接、积存粪便。粪便的堆积造成肛腺的开口受阻，形成感染。感染沿着肛门直肠周围间隙或者淋巴管，逐渐蔓延至其它组织，形成肛周脓肿。
而患者因为机体抵抗力和免疫力低下，必然导致肛门直肠抵抗力下降。在受到大便挤压、摩擦，很容易导致感染，逐渐发展为肛周脓肿。