首先对真菌中毒还处于研究阶段，已知一种真菌，可有几种毒素，而不同种真菌，又可有相同毒素。所以真菌性食物中毒往往出现相似的症状，一般来说急性真菌性食物中毒潜伏期较短，先有胃肠道症状，如：上腹不适、恶心呕吐、腹胀、腹痛、厌食，偶尔有腹泻。以后，依据各种真菌毒素的不同作用发生肝、肾、神经、血液等系统的损害，出现相应症状。状如肝脏肿大、压痛、肝功异常出现黄疸、蛋白尿、血尿，甚至要少，必要等，有些真菌毒素引起的中性粒细胞减少，或者是缺乏血小板减少发生出血。有些真菌中毒易发生的神经系症状而有：头晕头痛迟钝躁动运动失调，甚至惊厥昏迷、麻痹等。患者多死于多肝肾功能衰竭，或是中枢神经麻痹药，死亡率可高达40%到70%。慢性真菌性食物中毒，除引起肝肾功能以及血液细胞损害外，有些真菌可以引起癌症。