睡醒小腿肌肉疼痛的原因主要有以下方面：
第一，可能是与受凉有一定关系，由于受凉以后局部的肌肉会释放过多的痛性物质，表现为小腿肌肉的酸胀痛，可以用热水袋、热毛巾敷一敷，适当的按摩拔罐，外用活血止痛的膏药，改善血液循环，过一段时间就会改善。
第二，小腿的血液循环障碍引起的，由于睡觉以后小腿的血液循环变慢，部分高凝状态的血液可能会引起深静脉的血栓形成，要及时的进行血管彩超的检查，对于血栓形成的小腿肌肉疼痛，及时的给予抗凝、活血化瘀的药物治疗，严重的可以进行手术。
第三，缺钙引起的，由于缺钙以后，小腿的肌肉的神经兴奋性增高，部分表现为酸痛，严重的可能会有抽筋和痉挛性疼痛，建议及时的进行微量元素的测定。平时适当的口服钙片，多吃含钙高的食物，会逐渐的缓解。