急性肠炎的原因，有可能是感染因素导致，也有可能是非感染性因素。
感染性因素主要是细菌、病毒、寄生虫以及真菌的感染，非感染性因素可以见于药物以及食物过敏或者酗酒。在某些应激状态下，患者也可能会出现急性肠炎的症状。临床当中比较常见的原因是感染性因素导致，比如轮状病毒、腺病毒、诺如病毒，以及空肠弯曲菌、沙门菌、痢疾杆菌、大肠埃希菌等。
如果患者服用药物不当，也可能会导致患者出现急性肠炎的症状，在选择用药之前，需要明确疾病的原因。