坐时间长了肛门疼有可能是以下一些原因：
首先，有可能是久坐以后导致肛门局部组织受压时间过久而引发的疼痛症状，大多并不需要特殊的治疗，适当活动后疼痛即能缓解。
其次，可能是由于久坐以后引发痔疮出现急性发作，因为久坐后会导致局部组织受压后淤血，从而导致痔疮血栓形成或者急性水肿，而引发肛门疼痛的症状。
再次，也有可能是久坐后引发的肛门感染性的疾病，例如肛周脓肿、肛周疖肿或者肛窦炎等，也会导致肛门疼痛的症状。
具体患者需要去医院就诊，明确肛门疼痛的原因，再采取相应的治疗。