包虫病不能进行穿刺活检，是由于在穿刺时容易引起胞囊内囊液外溢，而导致包虫在腹腔、胸腔内广泛播散，引起疾病的加重。
包虫病的诊断主要依据患者的流行病学接触史、症状以及辅助检查。对于包虫病患者常常有疫区的接触史，包括与狗密切接触等，症状会包括肝脏、肺部、脑部、骨骼等累及，其中肝部累及最为常见。
患者的实验室检查主要包括血中嗜酸性粒细胞显著增高、皮内试验或血清试验阳性，影像学检查，如超声、CT、X线等检查提示病灶存在。