肠结核是由结核杆菌侵犯到肠道而引起的一种慢性特异性的感染。肠结核的病原菌，多数是以下两种：
一种的是人型结核杆菌，占90%以上。少数是牛型结核杆菌，牛型结核杆菌是饮用了未经过消毒的带菌牛奶或乳制品所致。人型结核杆菌是如何侵犯到肠道的，最主要的就是经口感染，就是患者都有开放性的肺结核或者喉部的结核，咽下这种富含结核杆菌的痰液或者经常和开放性肺结核的患者共餐，而忽视了餐具的隔离消毒，使结核杆菌进入了消化道。
第二是血型播散，或者是由血行到达肝脏在经过胆汁进入到的肠道。
第三是由腹腔或盆腔内的结核病灶直接蔓延而来。