胃节律紊乱综合征的发病机制如下：
1.考虑是神经体液调节障碍导致的。胃的平滑肌细胞对兴奋性和抑制性刺激的阈值发生了变化，而存在于中枢神经系统里面的各种脑肠肽是可以决定胃的兴奋以及抑制运动效应的。失常的体液因素就包括胃泌素、5-羟色胺、胃动素以及胰岛素等。
2.各种疾病可以导致胃黏膜下的神经丛的炎症以及结缔组织的增生，从而导致组织的病理改变。
3.功能性消化不良、胃炎、胃部的肿瘤、消化性溃疡、小肠的动力障碍性疾病、迷走神经切除术后等疾病损伤了胃的节律蠕动，也可以导致胃节律紊乱综合征。