肛瘘的治疗方法主要有非手术治疗和手术治疗。
其中非手术治疗主要是通过用药等保守治疗，控制肛瘘的症状，比如局部有感染时，可以使用抗生素控制感染症状，局部也可以行瘘管挂虚线进行引流，但所有的保守治疗方法都仅仅能控制肛瘘的疼痛感染症状，并不能使肛瘘愈合。
如果想使肛瘘完全愈合，最终都需要行手术治疗。肛瘘的手术方式和瘘管的数量，以及位置的高低有关系。低位的肛瘘一般行肛瘘瘘管的切开或者切除术，而高位肛瘘大多需要行挂线术。
另外，有一些复杂的肛瘘，在经多次的手术以后，仍然不能治愈，也不建议行再次手术治疗，可以行挂线引流通畅，减少并发症。