阿米巴肠病患者的主要症状是起病慢，无明显全身症状，腹部不适，只有大便稀，有时腹泻，一天几次，但缺乏典型的痢疾样大便，大便检查可发现滋养层。
阿米巴性肠病的发病机制主要是宿主与蠕虫相互作用的复杂过程，受多种因素的影响，溶组织内阿米巴的侵袭性主要表现在宿主组织的破坏，它溶解内阿米巴的大型滋养体，侵入肠壁并引起阿米巴病。
常见部位是盲肠，其次是直肠、乙状结肠和阑尾，横结肠和降结肠很少见，有时累及回肠的全部或部分。