脑干出血的治疗包括保守治疗和手术治疗。脑干出血的治疗与脑干出血的量及患者意识状态相关，若脑干出血量小于3ml、患者意识清醒者，可给予降低颅内压力、止血及营养脑细胞等保守治疗。若脑出血大于5ml且伴有意识障碍者，需采取手术治疗，包括：
1.行脑室穿刺外流术，以降低颅内压力，待脑干血肿自行吸收。
2.直接开颅减压，清除脑干内血肿。
脑干出血量较大行手术者，术后效果往往不佳，即使有生存者也往往伴有不同程度的后遗症。