长期囊肿吃消炎药有可能会消失，尤其是有慢性支气管炎、肺气肿等疾病，合理地使用抗生素后，患者的原发疾病得到缓解时，肠气囊肿也会有所缓解。
除了需要使用消炎药物以外，也需要改善患者的营养搭配，适当地补充B族维生素类药物，可以使症状缓解。部分患者还可能需要联合中药的治疗方法缓解，可以给患者服用具有活血化瘀功效的中药汤剂，可以使用药物灌肠的方法缓解。
如果反复出血，并且有出现肠梗阻、肠套叠等并发症，有可能需要给予做病变肠段的切除手术。