募穴在临床上常用于治疗脏腑本身的病变，和与脏腑相关的五官九窍、皮肉筋骨的病变。
募穴是脏腑的经气，结聚于胸腹的腧穴，所以又称腹募穴。募有聚集会合的意思，六脏六腑各有一募穴共有12个，所有的募穴均位于胸腹部的相关经脉上，其位置和其相关的脏腑所处的位置相近。
临床上常将募穴和背俞穴配合着一起使用，称俞募配穴。也就是把病变脏腑的背俞穴和病变脏腑的募穴放在一起使用，这样能发挥其协同作用，也称前后配穴法。