肛瘘瘘管可以切除，肛瘘瘘管切除术是针对于低位肛瘘的主要手术方式之一。在临床上一般是用于一些瘘管纤维化非常明显、范围局限的低位肛瘘。手术在切除瘘管的同时会将瘘管周围的瘢痕组织一并切除，这样更有利于肛瘘术后切口的愈合。
但对于一些肛瘘伴有感染、病变范围比较大的低位肛瘘，不建议行肛瘘瘘管切除，以肛瘘瘘管切开术为主要手术方式。
对于高位肛瘘也不能实行肛瘘瘘管切除术，因为采取这种手术方式有可能会造成肛门括约肌的严重损伤，导致术后肛门失禁。