脯肽脯酶缺乏症预防措施如下：
对遗传病患者或者亲属进行婚育指导方面的指导帮助，必要时选择结扎手术或者终止妊娠。从根源上预防患儿出生，减少群体中相应的致病因素。
在婚姻方面，常染色体显性遗传病可以致死、致残、致育，所以不宜结婚的近亲不宜结婚。因为近亲结婚生育患儿的比率较非近亲结婚者越高。根据世界卫生组织调查，非近亲婚配婴儿死亡率比近亲婚发病率低得多。
因此血缘亲属及第三代以内的旁系亲属间不能结婚，遵循优生优育原则，可以预防脯肽脯酶缺乏症。