肛瘘在临床上并不存在最佳的手术治疗时间。
一般肛瘘只要诊断明确，应尽早行手术治疗，但是对于一些肛周脓肿行切开引流后所导致的肛瘘，一般是在脓肿切开引流术后3个月左右，再行肛瘘手术。因为3个月过程中反复的慢性炎症，可以使瘘管更加明确，避免在术中无法找到内口等类似情况的产生，而增加手术的难度。
所以肛瘘患者及时应去医院就诊，明确肛瘘的类型，以及严重程度，再采取相应的治疗，不同肛瘘类型的手术方式也不相同。