肛瘘手术的费用和住院时间以及医院等级、手术方式、地域都有一定的关系，肛瘘手术大多需要住院治疗，所以总的治疗费相对比较高。
比如最简单的低位肛瘘，行肛瘘切开或者肛瘘瘘管切除术，住院时间大约在七到十天，总费用在普通三级医院大约需要8000左右。而对于高位肛瘘，由于需要行挂线术，其住院时间相对偏久，大约需要两周左右，所以其住院总费用大约在10000左右。
一般的城镇职工保险经报销以后，大约自己支付也就2500块钱左右。但具体价格可能还会存在差异，所以患者还是应该咨询当地手术医院。