肛瘘手术时间的长短和肛瘘的类型以及手术方式有直接的关系。
对于一些低位单纯性肛瘘，如果术中瘘管以及内口探查非常简单明确，只要行瘘管切开术或者瘘管切除术就可以。手术时间就非常短，单纯手术时间应该在半小时之内结束。即使加上麻醉时间，也可以在一小时之内结束手术。
而对于一些复杂性肛瘘或者高位肛瘘，有可能需要行挂线术。其手术时间就会有所增加，可能需要一个小时以上，甚至两个小时。特别是一些复杂性高位肛瘘，手术时需要仔细的探查瘘管走形以及内口的位置和数量，以免遗漏处理而导致术后复发。