真菌性肠炎是可以吃大蒜素的。
大蒜素对于革兰氏阳性杆菌、阴性杆菌都有一定的效果。同时，对白色念珠菌，以及隐形球菌也有一定的效果，可以用于治疗白色念珠菌感染所引起的真菌性肠炎，但是一定要在医生的指导下用药。同时，大蒜素还可以增强抵抗力、提高免疫功能，但是对大蒜素过敏的，尽量不要服用。
同时，患有真菌性肠炎在应用药物治疗的同时，也要调整饮食，尽量要多吃一些小米粥、软面条等比较容易消化的食物，要避免进食辛辣刺激性的食物。