肝穿刺活检在临床上非常常用，也具有很高的临床诊断价值，因为在某些情况中，是不能明确肝脏的具体诊断。如长期不明原因的肝功能异常，经多次实验室检查后，仍未能明确肝功能异常的原因，则需要进行肝穿刺活检，通过病理来明确肝炎的具体原因是什么。
另外，乙型病毒性肝炎患者，如果其病毒含量大于10的5次方，但肝功能始终为轻度异常，则需要进行肝穿刺活检，以在病理中观察肝脏炎症的具体程度，决定是否需要抗乙肝病毒治疗。
还有一种常见的情况是肝脏经过影像学检查，发现某些肝脏结节，但是尚不明确是良性结节，还是恶性结节，这类患者也可以进行肝脏穿刺活检，明确该结节的具体性质。