复杂性肛瘘术后的患者，由于切口相对偏大，而且有可能存在有多个切口或者有挂线。所以主要的术后注意事项是要注意术后切口的清洁与消毒，清洁的时候需要将各个切口内的感染物质以及粪便都清理干净，以防止淤积于切口内刺激切口产生疼痛，或者影响切口的愈合。清洁切口以后，要定时进行切口换药，促进切口的愈合。
平时还应注意自身饮食，避免辛辣刺激性的食物，以清淡饮食为主，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，防止便秘。
即使出院以后，患者也应该定时回医院复诊，可以早期发现一些问题，能及时处理。