目前，马兜铃酸肾病的发病机制不清楚，因此尚无特效、成熟的治疗方案。
一、预防：加强中草药的质量监控，严格监测和检测马兜铃酸含量。广泛普及马兜铃酸肾病相关知识，特别是在广大农村地区，重视马兜玲酸的肾损害，严格掌握用药剂量和疗程。马兜铃酸肾病一旦诊断明确，应及时停用含马兜铃酸的药物。
二、糖皮质激素的应用：早期的糖皮质激素治疗，有助于逆转和延缓肾损害的进展，对本病有一定疗效，但治疗的适应症及具体用药方案如起始剂量、如何减量、维持时间等目前尚无定论，仍需探索和更多的临床验证。
三、对症支持治疗：积极纠正酸中毒和电解质紊乱，保持内环境稳定，重视贫血的诊治，早期积极使用促红细胞生成素，对急性马兜铃酸肾病所致肾衰竭，重者需要血液净化治疗，对于慢性马兜铃酸肾病所致慢性肾衰竭，则根据肾衰竭的程度进行相应的治疗。