马兜铃酸肾病一般预后较差，大部分患者的病变和肾功能损伤是不可逆的。马兜铃酸这种物质可损伤肾小管上皮细胞，进一步导致肾间质纤维化，最终发展到肾功能衰竭。
其中马兜铃酸肾病的预后和剂量，患者的年龄和肾功能损害程度相关。马兜铃酸肾病停药后，仍可逐步发展到终末期肾功能衰竭，因此马兜铃酸肾病重在预防。
此病治疗主要是促进肾小管上皮修复，防止肾小管间质病变转化成慢性。马兜铃酸肾病是一个慢性发病过程，重点在于保护残存的肾功能，延缓肾功能衰竭进一步发展到中末期。