肛周脓肿的形成主要有4步。
第一，肠道菌群的失调，肠道菌群失调是源头，是致病的主要原因。
第二，肛窦，肛窦是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。
第三，肛脉，肛腺是感染的途径，是由于肛腺先发生感染，然后再经肛门周围括约肌间隙以及淋巴管蔓延至周围间隙所导致的。
第四，肛门周围间隙，是最终的发生部位。包括坐骨直肠窝间隙、骨盆直肠窝间隙、直肠周围间隙，以及肛门周围皮下的一些间隙等等。