绝大多数患者是由于肛腺感染所引起，其次是肛周皮肤感染、损伤、异物、药物注射和手术后并发感染引起。极少部分患者可继发于其他疾病，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病、白血病、糖尿病等。之所以引起肛周脓肿最常见的原因是肛腺感染。其主要原因是由于肛腺其开口是位于肛窦，肛窦位于内外括约肌之间，而肛窦开口是向上的，粪便特别是稀便很容易进入肛窦。而且粪便发硬也很容易损伤肛窦而引发肛窦炎。由于肛窦炎症沿肛腺管进入到肛腺，会使刚肛腺充血水肿发生阻塞，导致肛腺炎，在通过腺体的管状分支或联合纵肌纤维向上、下、外三个蔓延到肛管直肠周围间隙，而形成不同的肛周脓肿。