微小病变肾病的治疗，初始病例推荐单用糖皮质激素治疗，对于多次复发或激素依赖的病例可选用激素与环磷酰胺联合治疗，或者用激素与环磷酰胺联合。治疗后仍然复发者可选用较小剂量激素与环孢素A或他克莫司联合治疗。对于环磷酰胺、环孢素A和他克莫司不耐受的病例，可改用吗替麦考酚酯进行替代。
对于激素抵抗病例，应仔细查找有无影响疗效的原因，如感染、静脉血栓等，必要时重复肾穿刺活检，看有无局灶节段性肾小球硬化存在。激素相对禁忌或不能耐受者，可以单用环孢素A或他克莫司治疗。由于本病多数患者对激素治疗敏感，用激素治疗后肾病综合征能较快缓解。因此治疗初无必要合用血管紧张素转换酶抑制剂或血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂去减少尿蛋白排泄，也无必要合用调脂药物去治疗高脂血症。