胆道闭锁手术之后，因为改变了正常的胆道结构，所以会出现一系列的后遗症。
胆道闭锁一般都是先天性的，手术需要进行胆道和空肠的吻合，然后正常的胆总管下段的oddi括约肌也就不复存在了，就没有了防止肠内容物反流到胆管的功能。因为肠内容物中含有大量的细菌，反流到胆管之后就会出现反复的胆道感染，严重的还会出现黄疸、腹痛、发热等症状。而且胆肠吻合口愈合不良还会出现胆漏。另外，还会出现肠粘连、肠梗阻的一些常见的手术并发症。
但是不能因为手术有后遗症就不做手术，手术是治愈胆道闭锁的唯一方法，也没有其他更好的治疗方式。