肛门闭锁是有发生后遗症的可能性。肛门闭锁主要是在胎儿时期肛门没有完全地发育出来，出现了先天性的无肛门。
出现这个问题，及早发现以后要及时地进行手术，可以防止出现后遗症。如果疾病控制不理想，在手术之后也有可能会出现肛门失禁、肛门异物感，甚至肛门狭窄等后遗症，有时候还需要进行长期的扩肛治疗。如果出现肛门失禁，需要长期使用肛肠袋子收集粪便，所以对日常生活还是有很大影响的。
对于后遗症的预防，主要就是早期手术之后，一定要进行排便功能的锻炼，然后就是防止感染。