先天结肠闭锁可以分为高位和低位，无论哪种都需要进行手术治疗。
如果是低位只需进行表皮直接切开，然后进行肛门造瘘就可以治疗。这种情况容易的后遗症，就是会出现大便不畅，以后有异物感容易并发痔疮。
如果是高位的结肠闭锁，那一般就需要进行腹部造瘘，然后再进行人造肛门，之后再进行回纳，再闭锁瘘口，这样就形成了正常的人工肛门。这样的后遗症一般是容易诱发肠粘连、肠梗阻，所以避免后遗症是很重要。就是要饮食均衡，而且通过适当的锻炼，手术是越早越好，并发症也会越来越少。