瞿麦虽然是一味利尿通淋药，但通过临床应用发现它有治疗甲状腺囊肿的功效。
从中医的角度上，囊肿和气滞、血瘀或者是痰阻等因素都有密切的关系，在治疗上也经常选用一些能够行气、化痰、活血的药物。瞿麦虽然在药物的分类上归于利水渗湿药的范畴，但它同样有活血通经的功效，能够散结消肿。因此，瞿麦也就可以被应用于治疗甲状腺囊肿的疾病。
另外，根据当代研究发现，瞿麦中的微量元素可以帮助降压、利尿、抑菌，这对于囊肿的治疗同样有积极的作用。