腘窝囊肿能否自愈与囊肿的严重程度以及患者的年龄有关。
如果患者为儿童，通常为原发性的腘窝囊肿，通常能够自愈，不需要进行特殊的治疗。如果成人出现了继发性的腘窝囊肿，症状较轻或者病程时间短，也可能会自愈。如果引起了疼痛感，并且肿物持续增大，应当先考虑进行药物治疗，比如局部注射皮质类固醇药物，能够减轻粘连、消除囊肿，患者要严格休息，减少活动。
如果腘窝囊肿发病时间较久，使用药物治疗没有任何效果，应当考虑进行手术治疗，手术的方式也分为两种，比如传统囊肿切除术和关节镜手术。