儿童睡觉时咳嗽可能与卧位不当有关，特别是一些年龄比较小的幼儿，如果选择平卧位，鼻腔内的分泌物有可能会流到咽部，这时会导致咽部发痒，所以会出现刺激性咳嗽，通常将头部稍微抬高或者调整睡眠姿势，症状就会有所改善。
另外也有可能是咳嗽变异性哮喘引起，主要是由过敏因素诱发，因为晚上迷走神经兴奋性增加，同时也会进一步加重气道的敏感度，这时容易出现支气管痉挛，进而引起睡觉时咳嗽的现象。
另外，这种情况也不排除是鼻窦炎等鼻部疾病导致，主要原因是鼻后滴漏。