慢性结肠炎可以吃益生菌类药物。因为引起慢性结肠炎的原因，有可能是滥用抗生素导致肠道菌群功能失调。因此，可以适当地口服益生菌类药物，调节肠道的菌群功能，促进疾病的恢复。
如果是过敏因素所引起的慢性结肠炎，还需要注意避免接触容易引起过敏的物质，包括进食的食物。
在服用益生菌类药物时，需要密切关注该疾病的腹胀、腹痛、腹泻症状的缓解程度，必要时还需要调整用药方案，也可能需要联合使用水杨酸类抗炎药物，以及糖皮质激素药物进行治疗。