慢性肾盂肾炎多有反复或持续感染导致肾脏结构和功能受损，并以肾盂、肾盏形成瘢痕为重要特征。慢性肾盂肾炎为临床常见病、多发病。它的病因很多，部分患者在儿童时期曾有过急性尿路感染史，经治疗后症状消失，但仍有无症状菌尿，到成年时逐渐发展为慢性肾盂肾炎。部分急性肾盂肾炎患者治愈后，经尿道器械检查后而再次诱发感染。细菌引起的尿路感染未得到有效治疗，迁延进展也会发展成慢性肾盂肾炎。
另外，尿流不畅和膀胱输尿管反流也是导致慢性肾盂肾炎的主要原因。