怀疑肠结核应该要做的检查，有血常规、大便常规、结核菌素试验以及X线的钡餐造影。必要时有可能需要做腹腔镜的检查以及结肠镜的检查。
每个患者的疾病，临床表现不同，疾病的发展过程有所不同，可能所需要做的辅助检查也会有所不同。
部分患者如果通过大便常规检查以及病原微生物的培养，明确有结核分枝杆菌的感染时，可以明确疾病的诊断。如果怀疑患者有肠穿孔、肠梗阻等并发症时，还可能需要做腹部的平片检查。同时也需要做腹部的触诊、听诊以及叩诊。