肾病综合症的主要并发症包括感染、血栓栓塞、急性肾衰竭以及代谢紊乱。肾病综合征患者由于存在营养不良、免疫状态异常、激素及免疫抑制剂的应用，感染的机会增加，感染部位多发生在呼吸道、泌尿系统和消化道。常见的致病菌有肺炎球菌、溶血性链球菌和大肠埃希菌，引起呼吸道感染、胸膜炎等。血栓栓塞是肾病综合征常见的，甚至严重致死性的并发症之一。
临床上，以肾静脉和深静脉血栓最为常见，部分可呈典型的肺梗死的表现，而急性肾衰竭是肾病综合症的主要并发症，可发生在肾病综合征的不同阶段，但以疾病初期和肾病未获缓解时的发生率最高。代谢紊乱，肾病综合征患者存在明显的低白蛋白血症，蛋白代谢呈负平衡，长期低白蛋白血症可以造成患者严重的营养不良、贫血、机体抵抗力下降、生长发育迟缓等等。