脑部偶尔会隐隐疼痛可能是原发性头痛所致，另外跟脑缺氧也有关系，具体病因还需要到医疗机构检查才能够确诊。
1.原发性头痛。原发性头痛是因为精神紧张导致的，会让头部出现一阵一阵的头痛，对于日常的工作和生活也会造成一定影响，头痛症状较为严重情况下，还需要通过用药方法进行治疗，比如可以选择使用维生素B1或者是谷维素的药物。
2.脑缺氧。脑部偶尔会隐隐疼痛跟脑部缺氧也是有关系的，在缺氧过程当中有可能会影响到脑部的血液循环情况是会引起头痛，必要的时候还需要给予吸氧方法进行改善，有利于头痛症状得到改善。