慢性结肠炎主要是病因治疗和对症治疗，必要时外科治疗。
慢性结肠炎表现为腹痛、腹泻、排黏液脓血便等表现。需要积极地查找病原体，如果合并感染，需要给予环丙沙星、甲硝唑、柳氮磺胺吡啶、水杨酸制剂抗感染治疗。结合应用糖皮质激素，例如地塞米松等。如果疼痛比较明显，可以给予解痉止痛的药物，例如普鲁本辛、硝苯地平等。腹泻严重可给予蒙脱石散、双歧杆菌综合治疗。
如果有手术指征，例如发生大出血、肠穿孔、药物治疗无效，可以采取结直肠全切除术，回直肠吻合术等治疗。