做肠镜对肠道黏膜的损伤是很轻微，可以忽略。因为在做肠镜操作过程中，医生动作轻缓娴熟，只要患者放松心情，配合医生操作，一般不会对肠道黏膜造成损伤。
在检查过程中可以清楚的观察到肠道内部是否存在有息肉、肿瘤、溃疡、出血等病情。但是一种侵入性的检查，对肠道的损伤虽是比较轻微，风险并不大，可能会对肠道有一点刺激，感觉不适，但很快就会出现好转。
做肠镜后可以吃一些容易消化的食物，比如各种粥类，尽量不吃难消化或者粗纤维的食品。